Khoản 1 Điều 200 Bộ luật Hình sự quy định tội Trốn thuế như sau:
Người nào thực hiện một trong các hành vi sau đây trốn thuế với số tiền từ 100.000.000 đồng đến dưới 300.000.000 đồng hoặc dưới 100.000.000 đồng nhưng đã bị xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế hoặc đã bị kết án về tội này hoặc về một trong các tội quy định tại các điều 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 202, 250, 251, 253, 254, 304, 305, 306, 309 và 311 của Bộ luật này, chưa được xóa án tích mà còn vi phạm, thì bị phạt tiền từ 100.000.000 đồng đến 500.000.000 đồng hoặc phạt tù từ 03 tháng đến 01 năm:
a) Không nộp hồ sơ đăng ký thuế; không nộp hồ sơ khai thuế; nộp hồ sơ khai thuế sau 90 ngày kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế hoặc hết thời hạn gia hạn nộp hồ sơ khai thuế theo quy định của pháp luật;
b) Không ghi chép trong sổ kế toán các khoản thu liên quan đến việc xác định số tiền thuế phải nộp;
c) Không xuất hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ hoặc ghi giá trị trên hóa đơn bán hàng thấp hơn giá trị thanh toán thực tế của hàng hóa, dịch vụ đã bán;
d) Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp để hạch toán hàng hóa, nguyên liệu đầu vào trong hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc làm tăng số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm hoặc tăng số tiền thuế được khấu trừ, số tiền thuế được hoàn;
đ) Sử dụng chứng từ, tài liệu không hợp pháp khác để xác định sai số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được hoàn;
e) Khai sai với thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu mà không khai bổ sung hồ sơ khai thuế sau khi hàng hóa đã được thông quan, nếu không thuộc trường hợp quy định tại Điều 188 và Điều 189 của Bộ luật này;
g) Cố ý không kê khai hoặc khai sai về thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, nếu không thuộc trường hợp quy định tại Điều 188 và Điều 189 của Bộ luật này;
h) Câu kết với người gửi hàng để nhập khẩu hàng hóa, nếu không thuộc trường hợp quy định tại Điều 188 và Điều 189 của Bộ luật này;
i) Sử dụng hàng hóa thuộc đối tượng không chịu thuế, miễn thuế, xét miễn thuế không đúng mục đích quy định mà không khai báo việc chuyển đổi mục đích sử dụng với cơ quan quản lý thuế.
Trong khi đó, khoản 1 Điều 221 quy định về tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng như sau:
Người nào lợi dụng chức vụ, quyền hạn thực hiện một trong những hành vi sau đây, gây thiệt hại từ 100.000.000 đồng đến dưới 300.000.000 đồng hoặc dưới 100.000.000 đồng nhưng đã bị xử lý kỷ luật hoặc xử phạt vi phạm hành chính về hành vi này mà còn vi phạm, thì bị phạt cải tạo không giam giữ đến 03 năm hoặc phạt tù từ 01 năm đến 05 năm:
a) Giả mạo, khai man, thỏa thuận hoặc ép buộc người khác giả mạo, khai man, tẩy xóa tài liệu kế toán;
b) Dụ dỗ, thỏa thuận hoặc ép buộc người khác cung cấp, xác nhận thông tin, số liệu kế toán sai sự thật;
c) Để ngoài sổ kế toán tài sản của đơn vị kế toán hoặc tài sản liên quan đến đơn vị kế toán;
d) Hủy bỏ hoặc cố ý làm hư hỏng tài liệu kế toán trước thời hạn lưu trữ theo quy định của Luật Kế toán;
đ) Lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên nhằm bỏ ngoài sổ kế toán tài sản, nguồn vốn, kinh phí của đơn vị kế toán.
Căn cứ quy định nói trên có thể thấy một số khác biệt giữa hai tội như sau:
Về hành vi, hành vi của hai tội này là hoàn toàn khác nhau. Người phạm tội thực hiện hành vi được mô tả trong tội danh nào sẽ bị truy tố về tội danh đó.
Về hậu quả, ở tội Trốn thuế thì bắt buộc phải có yếu tố số thuế đã trốn (đáng lẽ phải nộp nhưng không nộp). Trong khi đó ở tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng thì không đặt ra vấn đề trốn bao nhiêu tiền thuế mà là đã gây thiệt hại bao nhiêu tiền.
Việc xác định thiệt hại từ hành vi vi phạm quy định về kế toán nhất thiết phải do Hội đồng định giá tài sản trong tố tụng hình sự tiến hành theo quy định tại Nghị định số 30/2018/NĐ-CP (đã được sửa đổi, bổ sung).
Về chủ thể, tội Trốn thuế có thể là bất kỳ ai hoặc pháp nhân thương mại (Khoản 5 Điều 220 BLHS) nhưng với tội Vi phạm quy định về kế toán thì người phạm tội chỉ là cá nhân có chức vụ, quyền hạn.
Về hình phạt, ở tội Trốn thuế thì hình phạt chính có thể là phạt tiền hoặc phạt tù tối đa đến 7 năm tù đối với cá nhân; phạt tiền đến 10 tỷ đồng đối với tổ chức, đình chỉ hoạt động có thời hạn hoặc đình chỉ vĩnh viễn. Trong khi đó hình phạt chính của tội Vi phạm quy định về kế toán là cải tạo không giam giữ hoặc phạt tù tối đa đến 20 năm.